Las dos torres de la iglesia, de época medieval, que alcanzan los 55 metros de altura, trazan en el cielo un perfil emblemático de Pamplona.
En la antigüedad sirvieron como fortaleza defensiva y militar, y hasta el siglo XVIII estaban coronadas por almenas, que fueron suprimidas en las reformas barrocas realizadas en la iglesia.
La torre norte se conoce como la torre de la campana, ya que en ella se cobija la campana oficial que señalaba en otros tiempos el rito mo de vida de la ciudad y de sus actos civile. La parte superior se habllaba en mal estado por lo que a mediados del siglo XVIII se hicieron importantes reparaciones y se construyó el chapitel de ladrillo que la remata.
La ot
ra torre, más baja, llamada del reloj porque en ella ha estado siempre el reloj oficial de Pamplona, cuya existencia consta ya en el siglo XVI. Su 
antigua maquinaria ha sido sustituida por un sistema electrónico. En la actualidad anuncia puntual a las 8:00 de la mañana cada día de las fiestas de San Fermín de la mañana, el comienzo del popular encierro. La torre está rematada por una veleta con forma de gallo, conocida como «el gallico de San Cernin».
Elizaren bi dorreak, 55 m. goierakoak, hiriaren profil enblematikoa diseinatzen dute. Antzinean gotorleku militar bezala erabiliak izan ziren. Dorreetako bat, txikiena, oilarraren formako haize-orratzak burutzen du eta, horregatik, «el gallico» bezala da ezaguna. Dorre horretan dago, hain zuzen, San Fermin jaietako «entzierroaren» hasiera puntualki adierazten duen erlojua.The two church towers, reach a height of 55 metres and add to the iconic skyline of the city. In ancient times they also served a defensive and military role. One of them, the shorter of the two, is topped by a weathervane in the shape of a rooster, and because of this it is known as the «gallico». It houses the clock and bell that signal the start of the bull run every morning, called «el encierro», during the festival of Saint Fermin.